Jodorowsky mette a nudo l’ipocrisia della società borghese cristiana, preda di un fervore religioso quasi fanatico per un credo esso stesso deviato e corrotto. El Topo è, alla fine, un elogio della bruttezza, dell’imperfezione contro una perfezione paventata ma mai reale. “Troppa perfezione è un errore” ci ricorda El Topo dopo aver sconfitto un suo nemico, ma anche “la perfezione è perdersi”. E così El Topo ci fa perdere, per poi farci ritrovare, in un film che è più chiaro di quanto non si voglia ammettere.